https://www.skogforsk.se/kunskap/kunskapsbanken/2010/simulering-for-optimering-av-foradling/
POPSIM är ett verktyg som kan simulera utfallet av flera generationers förädlingsaktivitet i en testpopulation. Rapporten sammanfattar genomförbara förädlingsscenarier samt hur programmet installeras.
Utvärdering och optimering av förädlingsstrategier för skogsträd kan med fördel hanteras med stokastisk simulering. Rekombination av alleler vid reproduktion (korsning) är en stokastisk effekt, och således även uttrycken av genetiska effekter i en population. Denna process kan efterliknas i en simulering, när en sluten population påverkas enligt en förutbestämd förädlingsstrategi. När en simulering upprepas många gånger kan slutsatser dras om sannolikhetsfördelningen av olika parametrar ifrån ett scenario, som hjälper till att bilda en uppfattning om ett ”typiskt” utfall. Få antaganden behövs för att prediktera resultatet av olika förädlingsmetoder med komplicerade släktskap över multipla generationer av förädling.
POPSIMTM är ett exempel på en parametrisk simulering. Med detta program kan första generationens plusträd (founders) förädlas enligt en given strategi. Programmet kan generera avkommor både för avkommeprövning och för den kommande förädlingspopulationen, utvärdera data ifrån fältförsök (BLUP avelsvärden), selektera fördelaktiga träd med specificerad selektionsmetod, generera produktionspopulationer (t.ex. fröplantager, klonblandningar) och beräkna olika populationsegenskaper som exempelvis den genetiska vinsten, effektiv populationsstorlek och diversitetsförlust. Det finns många möjligheter och alternativ ifrån operativa förädlingsprogram inbyggda i POPSIM, som exempelvis avkommeprövning, flexibla korsningsdesigner som t.ex. rangordnade och obalanserade, klonupprepning i fältförsök, olika selektionsmetoder inkluderat restriktion på släktskapet hos de utvalda träden.
POPSIMTM är ett projekt som pågått under 15 år och är under ständig utveckling. Nu har nya, viktiga verktyg lagts till för att anpassa programmet till Europeiska behov. Dessa verktyg inkluderar ett oberoende steg av avkommeprövning av plusträd, med fri avblomning eller kontrollerad pollenblandning, fullständig släkskapsinformation för BLUP-beräkningar av avelsvärden över samtliga generationer, utökade populationsstrukturer som exempelvis förselektion och avkommeprövning följt av en utökning av förädlingspopulationen med besläktade föräldrar och funktion för undvikande av att närbesläktade träd korsas även med rangordnade korsningar.
Läs mer i Arbetsrapporten nedan.
